在基督教世界，修院曾经垄断整个社会文化教育事业，对青年人进行以基督教为核心的“七艺”教育。由于古代文献资料多保存于其中，修院成为中世纪西方学术活动的中心，这也是中世纪西方的科学家、哲学家等学者多是修士的原因。中世纪以圣经和教文著作为凭借而发展起来的神学哲学体系，也因此被称为经院哲学。基督教神学吸收古希腊哲学为论证信仰服务，九至十二世纪以柏拉图主义占主导地位，十三至十四世纪则以亚里士多德体系为主，十三世纪多明我会的托马斯•阿奎那是经院哲学的集大成者，他的理论后来成为天主教的宫方神学。在经院哲学的末期，有邓斯•司各脱与托马斯相对立，而威廉•奥卡姆则对教皇的世俗权力进行了批判。从隐修制的兴起可以明显地看到宗教的出世性质，但修院的腐化又表明它并不能脱离世俗的社会。这种矛盾也表现在经院哲学的理论发展当中。