雍正年间，随着南方少数民族地区社会经济的发展，土司制度的落后性日益暴露，并逐渐成为社会发展的阻力。雍正四年（1726年），清王朝实行大规模的改土归流后，其治瑶政策也发生了变化。在一些经济发展较快的瑶族地区裁革瑶目，“编入保甲，与齐民一体稽查”，“两省（湘桂）苗徭错居，互相倚恃……宜以编立保甲为首务。应令地方官因地制宜，寨大奸，按照十户立一牌头，十牌立一甲长。每寨选择小心知事者，佥立寨长一二人；寨小者不能限定牌甲，止就其寨之户口多寡，酌量编定。亦必佥立一寨长，责其稽查，按户给门牌，将大小丁口逐一备载，不许容留汉人以及面生可疑之苗徭在寨居住。至所藏军器，悉令缴官，不许私行打造。……如有故违容隐，同牌不首报，一家有犯，九家连坐，仍将寨长治以失察之罪”。在瑶区推行保甲制度，对瑶民实行直接统治」在经济发展较为缓慢的地区，则仍由原来的徭长、徭目等管辖，但亦逐渐采用保甲制的“稽查之法”，以加强对瑶民的统治。值得指出的是，清末还在瑶族聚居区设立特区进行专门统治，据欧阳纯《湘南瑶山考察报告•后记》载：“湘南所属的常宁、桂阳、新田、道县、宁远五县交界的阳阴山区……清末年间作为徭民特区而设置过县府”。