清朝征服整个蒙古用了一个半世纪的时间，历经六个皇帝。后金征服蒙古后，喀尔喀和额鲁特蒙古为了共同抵抗清朝的征服，于1640年制定了《蒙古——卫拉特法典》，喀尔喀蒙古与额鲁特蒙古虽然制定了共同抵抗清朝的协议，但没有统一领导喀尔喀与额鲁特的领袖人物，喀尔喀的札撒克图汗部、图希业图汗部、车臣汗部不团结，相互动干戈；额鲁特的和硕特部、杜尔伯特部、土尔扈特部、准格尔部各有其汗。1678年噶尔丹统一额鲁特四部，建立了准格尔汗国，噶尔丹为了把喀尔喀蒙古也纳入准格尔汗国的统治之下，于1688年进兵喀尔喀，以图希业图汗部首领察浑道尔吉为首的喀尔喀封建主逃入漠南，康熙皇帝把他们安置在苏尼特部地，噶尔丹追击察浑道尔吉等人，率兵进入漠南。从此开始了准格尔汗国与清朝之间长达近百年的战争，18世纪80年代才告结束。