正当台湾经济文化迅速发展、蒸蒸日上之时,1894年（光绪二十年）中日甲午战争爆发。次年，中国惨败，清政府被迫签订《马关条约》，将台湾割让给日本。从此，日本在台湾实行了长达半个世纪的殖民统治。

郑氏政权传至第三代郑克塽，由于内部争权夺利，宗派矛盾加剧，严重阻碍了台湾经济文化的发展；加之与大陆长期隔绝，海峡两岸人民饱受骨肉离散之苦，民心思归。1683年（清康熙二十二年），福建水师提督施琅奉诏率大军渡海攻台，郑克塽众叛亲离，被迫降清，台湾重新纳入大陆中央政权的统辖之下。次年，清政府改承天府为台湾府，下辖台湾、凤山、诸罗三县，置于福建省台湾厦门道管辖。由此，台湾经济文化进入了一个新的快速发展的历史时期。