随着分配制度、经营方式的转变，农村经营管理体制也进行了改革。1992年10月全国人大常委会修改宪法，删去原宪法中关于人民公社的提法，把家庭联产承包责任制作为农村的基本经营体制长期不变。中共十五大报告中也指出，长期稳定以家庭联产承包为主的责任制，完善统分结合的双层经营体制，逐步壮大集体经济实力。农村经济体制的改革，不仅激活了农村经济，而且推动了经济的发展和改革的深入。

1961年取消管理区建制，调整公社规模，对各大队范围内的劳力、土地、耕畜、农具固定下来交所属生产队管理使用。实行公社（乡级）、生产大队（村级）、生产队（组级）三级所有，队为基础，以生产队为基本核算单位的管理体制，明确生产小队有农业生产经营权和产品分配权，劳力、产品、物资由小队支配，公社、大队不得无偿占用。同时，停办公共食堂，取消大公社时期的供给制和工资制。在生产队推行包工、包产、包投资和超产奖励制度。1962年推行“大包干”制，由生产队包干完成国家粮食征购和农副产品收购任务，包干上交公社、大队及小队提留，然后以生产队为单位，按各尽所能，按劳分配，多劳多得，不劳动不得食的原则进行分配。分配方式，粮食在留足饲料粮、种子粮后，按人七劳三（即人口占七成，劳动工分占三成）或人六劳四的比例分配；现金则按工分进行分配。1963年后，批判“包产到户”，强调集体生产。1964年推行劳动定额管理和基本劳动日、基本工分、基本肥料制度。