黔东南境内的清水江、㵲阳河、都柳江三条大河自西向东和向东南横贯州内，河流分属两大水系，苗岭以北的清水江、㵲阳河属长江水系，苗岭以南的都柳江属珠江水系。清水江自西向东流经丹寨、麻江、凯里、黄平、施秉、台江、剑河、锦屏、天柱9县市，流域面积14769平方公里，主要支流有重安江、巴拉河、南哨河、乌下江等。㵲阳河自西向东流经黄平、施秉、镇远、岑巩4县，流域面积5106平方公里，主要支流有杉木河、龙江河、车坝河等。都柳江自西向东南流经榕江、从江2县，流域面积8802平方公里，主要支流有寨薅河、永乐河、污牛河等。