东晋时五斗米填传入内地和沿海，并从民间发展到上层士族。名门大族如郗氏、王氏、殷氏等，皆世代信奉。晋末有孙恩、卢循利用五斗米道反叛晋廷的事件。南朝刘宋道士陆修静，“祖述三张，弘衍二葛”，将丹鼎派与符篆派集于一身。他依据封建宗法思想与制度，制定新的道教斋戒仪范，世称南天师道。又因其弘扬《灵宝经》，后人称其教派为灵宝派。陆修静著《三洞孽书目录》，将道书按洞真、洞玄、洞神三部分类整理，奠定了以后《道藏》三洞四辅的体例基础。齐梁道士陶弘景为梁武帝所信赖，隐居茅山而顾问国事，时人称“山中宰相”。他上承老庄、上清经及葛洪，以存神服气为主要修行方法，辅以诵经、功德，不甚重符箓斋醮。著有《真诰》、《真灵位业图》、《登真隐诀》等书，宣扬上清派理论与道术，编造等级森严的新的神仙谱系。他援儒、佛两家入道教，主张三教合流，说“百法纷凑，无越三教之境”，晚年自誓受佛教五大戒。