但是，由于近代实验科学从自然界各个领域否定了上帝的主宰作用，也必然随之而对上帝作为“世界第一因”和“第一推动力”的创世活动产生怀疑，并用“进化”的概念来说明宇亩的形成和人类的产生。从十七世纪到十九世纪，进化理论在天体物理学、地质学和生物学中取得了重大的成就，形成了与上帝创世信仰直接对抗的天体演化说，地质发展观和生物进化论。