问题在于，既然自然界的一切现象，自然物的一切属性不是从上帝那里生出，不是出自上帝天命的安排，在上帝那里没有什么隐秘的性质（理式）作为它们的原型，那末，它们的原因和根据何在？自然事物何以能产生和消灭，变化和发展？一种事物何以具有此种性能，另一种事物又何以具有彼种性能？要想在对这些问题的回答中排除上帝和天命的作用，就得在消除神学自然观的同时，对自然事物进行具体的科学研究，这就导致近代实验科学的兴起和发展。