元明时期（13-17世纪），由于战争的影响，瑶族被迫大量南迁，不断深入两广腹地。到了明代，两广成为瑶族的主要分布地区，从而形成了“南岭无山不有瑶”的格局。进入明末清初（17世纪），部分瑶族自广东、广西迁入贵州及云南南部山区。这时，遍及南方六省（区）的瑶族，其分布基本和现在的格局一样，形成了大分散、小聚居的局面。部分瑶族自明末清初后开始迁涉越南、老挝、泰国等地成为他国居民。