理学的神学色彩首先表现在把忠孝与五常拔到“天理”的高度，给神权披上理性的外衣。“天理”至善至美，神圣不可侵犯，存“天理”必须灭“人欲”，以此扼杀人们身上违背封建道德的感情欲求。理学家还宣扬超历史的道统说，尤其神化孔子，有“天不生仲尼，万古长如夜”的颂言。朱熹把伪《古文尚书》中“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”十六字，奉为孔门传授心法，使之成为类似神启的宗教教义。