十九世纪，由于电子的发现，十七、十八世纪的机械论物质观受到了冲击。现代物理学的一系列重大发现，从宏观到微观，从大宇宙到小宇宙，使我们对物质的认识进入到了新的层次。但这既不意味着机械论自然观的否定，也不意味着它所具有的无神论价值发生动摇。相反，现代物理学用更丰富的科学事实，在更深的层次上一再证明物质的一切属性都决定于物质微粒在结构为物时的数量组合和空间排列。这种说明方式已从物理学扩展到生物学、遗传学，建立了分子生物学和分子遗传学。近年来，又进一步扩展到与大脑活动相联系的精神科学。一当这种自然观进到一个新的领域，原来占据那个领域的超自然势力就被自然科学驱逐出去。十七世纪以来，近代实验科学所开始的这个从自然界各领域中清除上帝主宰作用的进程仍在继续，它的势头是不可阻档的。