宋王朝开始注意到民间开发澎湖的趋势。另外，随着航海技术的进步，通过海路与外界的联系日趋频繁，澎湖在发展对外贸易上的地位日渐重要，北宋政权开始派兵戍守澎湖，但只是“春季遣戍”而“秋暮始归”，属于季节性的戍守。直至公元1171年，即南宋孝宗乾道七年，泉州知府汪大猷派水军造屋200间屯守澎湖，并把澎湖划入泉州府辖下“编户”管辖，（周必大：《文忠集•汪大猷神道碑》），这是大陆封建政权首次在澎湖地区常年驻军，进行有效统治。自此，台、澎地区开始正式纳入中国封建王朝的势力范围。