除卫所外，明王朝还在瑶族地区设置了许多巡检司。“衡当楚上游……其市镇关设立巡检司等，业有防御。”洪武二年（1369年），明王朝在广西瑶、壮族聚居区的“关隘冲要之处设巡检司，以警奸盗，后遂增置各处”。仅广西大藤峡周围，就先后设置大黄江口、靖宁乡、大宣乡、思隆乡、木盘浦、常林乡、大同、泰川、武林、新安寨、北山寨、桥头圩、瓦塘渡、五州寨、东堂渡、郭东里等巡检司和罗秀、峒心、三堆、大峡、平岭等土巡检司，以应付瑶族地区的“窃发”事件。