弗雷泽等人的理论也受到许多宗教学者的批评。批评者认为它有两个主要的缺点。第一、弗雷泽的巫术理论是以理性主义的因果观念来说明原始人巫术行为的思维根据。但这是文明人的思维形式，未必符合于未开化的民族的实际情况。如果我们不是设身处境地以与原始人同等的思维水平来考虑他们的巫术活动，是不能理解原始巫术的本来情况的。在原始人的巫术活动中，除了合乎理性的因果联想以外，还应该包含有非理性的情绪活动。在巫术理论的进一步发展中，这种非理性的情绪因素越来越受到宗教学者的重视。第二、后来的人类学发现的事实表明，在一些原始民族中巫术的强制与宗教的祈祷是同时并存的，因此不能认为巫术的产生先于宗教；同时，在巫术破产之后仍继续存在于世，并未让位于宗教的祈祷。在宗教学中，又提出了巫术基于感情以及巫术与宗教并行说。英国的马雷特和哈特兰德是这种主张的主要代表。马雷特认为在泰勒所谓的万物有灵论宗教之前有一个信仰自然的、但尚未人格化的神秘力量的阶段。他以美拉尼西亚人的“玛纳”作为这种神秘力量的代表。这种力量在人的心中引起恐怖、惊奇、赞叹等情绪。原始人对之不能作出合乎理性的说明，这样就产生一种要把内心感受到的神秘的超自然力量对象化和人格化的绝大冲动，于是产生了宗教；同时，另一方面，人也产生了一种把超自然力变为无害的、友好的东西的冲动，这就是巫术。马雷特把这种感受和感情状态称之为“超自然主义”。