在广西都安、南丹、巴马、大化、凌云，云南金平、屏边等土司统治地区，其政治制度基本沿袭明清旧制，而在改土归流中加以改制。但不同地区政治建置有差异。如都安（清）光绪三十年（1904年）三月未改流前，分由都阳土巡检司、安定土巡检司管辖。土巡检司下划分为城头、峒、内庄、村、陇五个层级的行政区划。村、陇以上各级官员由土司委任，听土司差遣，对土民拥有生杀予夺之权。光绪三十年改流后，废除世袭土官，改设流官弹压委员，加强了中央专制主义统治。