自然科学和唯物主义哲学从其诞生之日起就是作为宗教神迹说的对立物出现于世的。它们反对用超自然的神和神的超自然作用，而用物质本原的组合和作用来说明一切自然现象。早在古代希腊和古代中国的唯物主义自然哲学中，即已达到这样的认识：整个世界是各种物质元素互相作用而形成的因果系列，一切自然现象都有其自然原因，都为先在的物质原因所决定而必然发生。按照古代希腊最重要的唯物主义哲学家德谟克里特的说法：“一切都遵照必然性而发生”。在他看来，偶然性（包括神迹事件）只是由于人们对事件产生的必然原因无知而产生的主观观念，是一种为了掩盖自己的轻率而进行的捏造。这就从根本上排除了神对自然的干预，排除了作为破坏自然必然性而产生的神迹事件存在的可能性。唯物主义哲学关于因果必然性的原理，后来一直成了自然科学和哲学反对神迹说的理论基础。甚至像古罗马西塞罗这样的哲学家，尽管一方面相信“神恩”、“天道”和灵魂不死，另一方面也根据因果法则而否定神迹。他认为任何事物都有其原因，没有原因便没有事物的发生。如果一个事物在事实上发生了，他就是原因的结果，而不是一个神迹。因此，神迹不存在。当然，西塞罗对他的结论作了限制，认为神迹故事对培养无知民众的宗教虔诚是必要之举。