同时，在中国宗教界内部一批进步的爱国人士，他们既忠于自己的信仰，又具有强烈的民族自尊心和爱国主义精神，他们多年来就反对帝国主义利用和控制中国教会的活动，主张中国人自己办教会，自己传教，他们中一些人积极参加了反对帝国主义侵略中国的爱国运动及新民主主义革命运动。中国共产党于1949年全国解放前夕召开了有我国宗教人士参加的政治协商会议，并通过了《中国人民政治协商会议共同纲领》，其中明确规定在我国实行宗教信仰自由的政策。此后，以吴耀宗为首的基督教爱国人士经过商讨，发表了《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的宣言（1950年9月23日），明确表明了中国基督教会在新中国的政治立场。声明中国基督教会拥护《共同纲领》，同时要“肃清基督教内部的帝国主义影响，警惕帝国主义，尤其是美帝国主义利用宗教培养反动力量的阴谋”，“中国基督教过去所倡导的自治、自养、自传的运动，已有相当成就，今后应在最短期内完成此项任务。”从此，中国基督教走上了反帝、爱国、爱教的道路，并号召全国教会和基督教徒割断与帝国主义的关系，肃清帝国主义的影响，彻底实行中国教会的自治、自养、自传。1954年7月正式成立中国基督教三自爱国运动委员会，作为新中国基督教的全国性的宗教组织。